Theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Trung ương, ông Nguyễn Xuân Anh đã sử dụng bằng cấp không đúng quy định, thiếu trung thực; thiếu gương mẫu trong việc nhận, sử dụng ôtô và 2 căn nhà do các doanh nghiệp của Phan Văn Anh Vũ (tức Vũ nhôm) biếu cũng như ủy nhiệm cho dùng.

Từ ngày 13 đến 16/9/2017, tại Hà Nội, Ủy ban Kiểm tra Trung ương họp kỳ thứ 17. Ông Trần Quốc Vượng, Ủy viên Bộ Chính trị, Bí thư Trung ương Đảng, Chủ nhiệm Ủy ban Kiểm tra Trung ương, chủ trì kì họp. Theo kết luận của kì họp, ông Nguyễn Xuân Anh, Ủy viên Trung ương Đảng, Bí thư Thành ủy, Chủ tịch HĐND thành phố Đà Nẵng có các vi phạm, khuyết điểm sau:

• Với cương vị là người đứng đầu Thành ủy, ông Xuân Anh chịu trách nhiệm chính về những vi phạm, khuyết điểm của Ban Thường vụ Thành ủy nhiệm kì 2015-2020.
• Vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ và các quy định của Đảng, Nhà nước về công tác cán bộ; chủ trì xem xét, quyết định một số nhân sự có biểu hiện áp đặt; trực tiếp chỉ đạo nhiều công việc cụ thể của chính quyền. Những việc làm của ông Nguyễn Xuân Anh đã gây phân tâm, ảnh hưởng đến sự đoàn kết, thống nhất trong Ban Thường vụ Thành ủy.
• Kê khai, sử dụng bằng cấp không đúng quy định, thiếu trung thực, vi phạm tiêu chuẩn cấp ủy viên và quy định những điều Đảng viên không được làm.
• Thiếu gương mẫu trong việc nhận, sử dụng ôtô do doanh nghiệp biếu, tặng và sử dụng 2 nhà ở của doanh nghiệp, gây dư luận xấu trong xã hội.

Ủy ban Kiểm tra Trung ương kết luận những vi phạm, khuyết điểm của ông Nguyễn Xuân Anh là nghiêm trọng, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức Đảng và cá nhân, gây bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, đến mức phải thi hành kỉ luật.

Ngày 6/10/2017, ông đã bị Ban Chấp hành Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa XII thi hành kỉ luật bằng hình thức cách chức Bí thư Thành ủy Đà Nẵng, Ủy viên Ban Thường vụ, Ủy viên Ban Chấp hành Đảng bộ thành phố Đà Nẵng nhiệm kỳ 2015-2020 và thôi giữ chức Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa XII.[11]

Đánh giá sự cố

Cựu Phó Trưởng ban Tổ chức Trung ương Nguyễn Đình Hương cho rằng việc đưa đến sự cố Nguyễn Xuân Anh là do công tác quản lý cán bộ, chọn người không đúng đưa vào cấp ủy, chọn người không qua rèn luyện thử thách, không có dấu ấn gì đối với Đà Nẵng, đó là hiện tượng "con ông cháu cha".[20]